Первые исторические сведения о поселениях славян на территории современной Праги относятся к VI веку н. э. В X веке Прага стала столицей Чешского государства, в конце этого же столетия в городе была выстроена рыночная площадь. В первой половине XIII века вокруг каменных построек в районе площади стали возводить крепостные стены. К середине XIX века Прага представляла собой в экономическом плане хорошо развитый город, который вёл оживлённую торговлю с соседями.
После распада осенью 1918 года Австро-Венгерской империи и образования независимой Чехословацкой Республики Прага стала её столицей. Город существовал относительно спокойно до начала Второй мировой войны в 1939 году. Освобождена Прага была 9 мая 1945 года советскими войсками в ходе Пражской операции. К счастью, война не оставила в городе серьёзных разрушений. В 1960 году Прага стала столицей Чехословацкой Социалистической Республики и пробыла таковой до 1993 года, когда после «бархатного развода» Чехословацкой федерации стала столицей Чехии. Прага стала основным местом событий Пражской весны 1968 года когда была предпринята попытка внутреннего реформирования КПЧ, её вооружённого подавления силами Варшавского договора в августе 1968 года, а затем бархатной революции 1989 года.
После поражения Австрии в австро-прусской войне 1866 года, когда Прага была оккупирована прусскими войсками, австрийское командование пришло к выводу, что город окончательно утратил своё оборонное значение. Это привело к решению о сносе большей части городских укреплений, прежде всего вокруг Нового Места и Малой Страны. Результатом этого явилось бурное развитие пригородов Праги: Краловске-Винограды,Жижков, Карлин, Вршовице, Нусле, Смихов, Коширже, Подоли, Височани и многих других, где, в отличие от плотно застроенных старых кварталов, возникли десятки и сотни новых заводов и фабрик, привлекавших рабочую силу из сельской местности. Пражская агломерация становилась наиболее важным промышленным центром всей империи. Особую роль играли предприятия машиностроения и металлообработки, используя недалеко расположенный угольный бассейн и металлургические предприятия города Кладно. Вместе с тем, боясь дальнейшего усиления Праги и Чехии в целом и, как следствие, требования ею особой политической роли, венское правительство препятствовало слиянию пригородов с Прагой. До падения монархии в 1918 году такое разрешение получили только Иозефов, Вышеград, Голешовице-Бубни и Либень.
После образования в 1918 году независимого чехословацкого государства и провозглашения Праги его столицей уже ничто не мешало её развитию в качестве метрополии. В 1922 году к Праге было присоединено 37 окружающих её городов и местечек, так что население города выросло почти втрое до 677 тыс. жителей, а территория с 21 км² увеличилась до 171,5 км², выведя её тем самым на уровень крупных европейских столиц своего времени. Быстрый рост Праги, как результат её центральной роли в стране и дальнейшего развития промышленности, привёл к росту населения до 850 тыс. к 1930 году и одного миллиона к 1939 году. В эти годы также большое развитие претерпела транспортная инфраструктура города: трамвайная сеть охватила почти всю её территорию, окраины получили автобусное сообщение, началось строительство линий троллейбуса. В середине 30-х годов было принято решение о строительстве в Праге метрополитена, однако начавшиеся работы были прерваны в связи с немецкой оккупацией иВторой мировой войной. На периферии возникали новые жилые районы как вилловой застройки, так и многоэтажных домов, отличавшиеся значительным для своего времени уровнем благоустройства, а также детские сады, школы, рабочие общежития, дома культуры, спортивные объекты, например, стадион на Страгове. Чешские архитекторы своими известными творениями в стиле модерн, кубизм и функционализм подняли зодчество Праги на самый передовой уровень. 30-е годы отмечены также взрывным развитием театральной и кинематографической жизни.
Аннексия Судет, немецкая оккупация Чехии и её последующее освобождение Красной армией привели к тому, что Прага, в которой в течение многих веков вместе проживали чехи, немцы и евреи, фактически стала моноэтничным городом. Многие видные политические и культурные деятели подверглись репрессиям как от нацистского, так и коммунистического режима и были казнены, брошены в тюрьмы, либо вынуждены эмигрировать. Две наиболее массовые волны эмиграции связаны с приходом коммунистической партии к власти в феврале 1948 года и вторжением войск стран-членов Варшавского договора во главе с СССР в августе 1968 года. Военные потери населения привели к тому, что предвоенная численность была восстановлена только к 1960 году. Впоследствии территориальный и демографический рост Праги происходил, главным образом, за счёт дальнейшего присоединения окрестных населённых пунктов в 1968 и 1974 годах, в результате число жителей одно время превышало 1200 тыс. человек. В последние годы наблюдается его уменьшение вследствие переселения жителей из скученных центральных районов в пригородные посёлки.
В послевоенный период продолжилось развитие инфраструктуры и благоустройства Праги. Вместе с тем стремление к скорейшему решению жилищной проблемы, как и в других социалистических странах, привело в 50—80 годы к появлению на окраинах города доступного жилья — невыразительных микрорайонов из панельных домов повышенной этажности, отличавшихся скромными размерами жилой площади квартир, невысоким уровнем коммунальных удобств и низкой эксплуатационной экономичностью. При этом многие ценные исторические здания в центре города оказались обделены вниманием и подвергались медленной деградации. Положение удалось исправить только в последнее время, когда большинство зданий обрело хозяина. Многие жилые районы, включая находящиеся в непосредственной близости к центру города, были почти целиком реконструированы, а располагающееся в них жильё приобрело престижный статус.
В августе 2002 года Прага сильно пострадала от катастрофического разлива Влтавы, в результате которого была затоплена значительная часть города и на несколько месяцев выведен из строя метрополитен. В последние годы Прага испытывает бурный рост жилищного, торгового и коммерческого строительства, при этом многие здания отличаются высоким архитектурным и техническим уровнем.
